Η διδακτική μεθοδολογία του Μεταπτυχιακό στην Ευρωπαϊκή Πολιτική και Διακυβέρνηση περιλαμβάνει συνδυασμό διαλέξεων, σεμιναρίων, εξετάσεων, projects, παρουσιάσεων, αναθέσεων εργασιών, μελέτης περιπτώσεων (case studies) και ανεξάρτητης έρευνας. Επιπλέον, το Πρόγραμμα έχει σχεδιαστεί για να παρέχει μια ακαδημαϊκή εμπειρία πέρα από εκείνη της παραδοσιακής τάξης, όπου η ροή πληροφοριών είναι κυρίως από τον εκπαιδευτή στον μαθητή. Στόχος του Προγράμματος είναι να επιτρέψει σε κάθε συμμετέχοντα να συμβάλει στην εκπαίδευση ολόκληρης της τάξης μέσω της ενεργού συμμετοχής στη μαθησιακή διαδικασία. Τα στοιχεία αυτά αναδεικνύουν την ολιστική και διεπιστημονική προσέγγιση του Προγράμματος.
Κάθε μάθημα αξιολογείται με την ολοκλήρωση μίας ενδιάμεσης αξιολόγησης που αναφέρεται ρητά στο πρόγραμμα σπουδών και στους οδηγούς σπουδών (εργασίες, κριτικές βιβλιογραφίας, άρθρο για το φοιτητικό περιοδικό του πανεπιστημίου κλπ.) κατά τη διάρκεια του εξαμήνου και τελικές εξετάσεις στο τέλος του εξαμήνου. Σε περίπτωση που ένας φοιτητής δεν παρακολουθήσει την εξέταση, ή δεν έχει παρακαθίσει στις εξετάσεις χειμερινού ή εαρινού εξαμήνου, δικαιούται να επανεξεταστεί.
Η Ενδιάμεση Αξιολόγηση δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί με επιπλέον γραπτές εξετάσεις. Η ενδιάμεση αξιολόγηση μπορεί να λάβει διάφορες μορφές, όπως περιγράφηκαν προηγουμένως, όπως τα δοκίμια, ερευνητικά άρθρα, παρουσιάσεις, βιβλιογραφικές κριτικές, βιβλιογραφικές ανασκοπήσεις κλπ. κατά τη διάρκεια του εξαμήνου και αντιστοιχούν στο 40% του τελικού βαθμού, ενώ η τελική εξέταση αντιστοιχεί στο 60% του τελικού βαθμού. Για να μπορέσει ο φοιτητής να ολοκληρώσει επιτυχώς ένα μάθημα, πρέπει να λάβει τόσο την τελική βαθμολογία όσο και την ενδιάμεση αξιολόγηση ένα βαθμό τουλάχιστον 50%. Η διάδραση και η διαμορφωτική αξιολόγηση συνιστούν μέρος της μεθοδολογίας εκμάθησης και διδασκαλίας.
Στο τρίτο εξάμηνο οι φοιτητές ολοκληρώνουν τη μεταπτυχιακή τους διατριβή που αντιστοιχεί σε 30 ECTS. Η διάρκεια της εργασίας εξαρτάται από τον τύπο. Στην περίπτωση μιας βιβλιογραφικής εργασίας, δεν μπορεί να είναι λιγότερο από 12.000 λέξεις και πάνω από 15.000 λέξεις. Δεν περιλαμβάνονται η βιβλιογραφία, τα παραρτήματα και η περίληψη. Μετά την υποβολή, ο επιβλέπων υποβάλλει γραπτή και αιτιολογημένη έκθεση στα μέλη της επιτροπής. Η υποστήριξη για τη διατριβή γίνεται δημοσίως ή μέσω ηλεκτρονικής τηλεδιάσκεψης ενώπιον τριμελούς επιτροπής.